14 февраля стало известно, что главным тренером ФК "Краснодар" назначен Мурад Мусаев.
После увольнения из "Краснодара" он руководил азербайджанским клубом "Сабах".
Напомним, что Мусаев был назначен исполняющим обязанности главного тренера основной команды. Позднее главным тренером де-юре стал Олег Фоменко, Мусаев же стал старшим тренером из-за отсутствия лицензии Pro, позволяющей тренировать клубы премьер-лиги.
В сезоне 2018/19 «быки» под руководством молодого тренера во второй раз в истории стал бронзовым призёром чемпионата России, впервые квалифицировавшись в Лигу чемпионов. Также клуб дошёл до 1/8 финала Лиги Европы.
15 июня 2020 года Мусаев сдал вступительный экзамен для обучения на лицензию Pro и был зачислен в академию тренерского мастерства. После этого был официально назначен главным тренером «Краснодара». По итогам сезона команда вновь стала бронзовым призёром чемпионата России.
Осенью того же года, пройдя в квалификации Лиги чемпионов греческий ПАОК, подопечные Мусаева впервые в истории клуба попали в групповой этап турнира. Соперниками «Краснодара» были «Челси», «Севилья», «Ренн». Клуб набрал 5 очков в групповом раунде и стал единственным представителем РПЛ из 6 участников, кто вышел в евровесну.
Но во внутренних турнирах команда выступала нестабильно, потерпев ряд поражений и откатившись в середину турнирной таблицы. В результате 3 апреля 2021 года после разгромного поражения от грозненского «Ахмата» со счётом 0:5 Мусаев подал в отставку.
14 марта 2024 года "Краснодар" подписал с Мусаевым контракт до конца сезона.